湄洲妈祖祖庙设有妈祖文化研究中心，从事搜集整理有关妈祖的资料，是专门从事妈祖文化研究的机构。

　　关于妈祖文化，历史上许多著名学者都曾涉猎这个领域，现代专家学者也进行认真的研究，1987年，莆田举行妈祖千年祭学术研讨会，与会的专家、学者着重从妈祖文化的内涵和外延进一步进行研讨。

　　从妈祖文化的内涵来说，妈祖短暂的一生虽未留下什么著作，也谈不上有什么思想体系，但她的热爱劳动、热爱人民、见义勇为、扶危济困、无私奉献、高尚情操和英雄事迹，却体现了中华民族的传统美德，并形成一股巨大的精神力量。妈祖牺牲之后，人们就按自己的愿望和理想，进一步把她塑造成为一位慈悲博爱、护国庇民、可敬可亲的女神，其目的仍是为了化育子孙后代和弘扬民族精神。“传闻利泽至今在”，“已死犹能效国功”──这是宋代状元黄公度的诗句；“但见舢舻来复去，密俾造化不言功”──这是宋代学者陈宓的诗句；“普天均雨露，大海静波涛”──这是元代诗人张翥的诗句；“扶危济弱俾屯亨，呼之即应祷即聆”──这是明成祖永乐皇帝的题诗。以上这些诗名既是对妈祖精神的高度概括，而又说明历代政治家、思想家和文学家都很重视发挥妈祖的教化功能，希望使这一民间信仰成为促进国家昌盛、民族团结、民生富饶的推动力。从这个意义上说，妈祖精神无疑是中华民族的优秀文化遗产之一。

　　从妈祖文化的外延来说，则是指妈祖信仰持续一千年来形成许多值得我们深入研讨和借鉴的相关学术文化课题。

　　在中外关系史上，妈祖信仰与我国古代许多和平外交活动有密切关联，诸如宋代的出使高丽，明代的郑和七下西洋历访亚非40多国，明、清两朝持续近500年的对古琉球中山国的册封等等，都是借助妈祖为精神支柱而战胜海上的千灾万劫，圆满地完成了和平外交的任务。外交使节们为报答妈祖神功，写下了大量颂圣文章，而这些原始资料对澄清一些历史遗留的争议很有作用。即如郑和的《天妃灵应之记》碑详细记录七下西洋的过程，对史书记载的讹误和不足起到了订正和补充的作用。清康熙二十二年中国册使汪楫所著《使琉球杂录》详述在妈祖庇佑下，封船如“凌空而行”，飞速通过钓鱼屿、黄尾屿、赤屿而进入琉球国境的姑米山、马齿山海域，使迎接天使的大夫郑永安惊叹如“突入其境”。由此记载可证，钓鱼岛列岛自古就是跟台湾连结在一起的中国领土。

　　在反侵略战争史上，有关古籍曾记载中国水师将领依恃妈祖庇护多次把殖民主义者驱逐出澎湖海域的史实。澎湖妈祖庙迄今尤存一块“沈有容谕退红毛番韦麻郎”的石碣，这是明万历三十二年（1640年）荷兰殖民者企图强占澎湖，沈有容从厦门率船队抵达澎湖，令其无条件撤离后的刻石纪功。明天启四年（1624年），中国水师复在澎湖克敌制胜，迫使侵略军首领牛文来律在妈祖庙签字投降。至于妈祖助潮让郑成功的舰队顺利进入台湾鹿耳门港的传说，则在台湾已家喻户晓。

　　在海上交通贸易及沿海港口开发的历史上，更与妈祖信仰有密不可分的关系。我国从东北至华南，许多著名的港口城市的开发史几乎都跟妈祖庙息息相关。“先有娘娘庙，后有天津卫。”这句谚语是对天津港口起源的形象化说明。宋代华亭（即上海）、杭州、泉州、广州四大市舶司均与妈祖庙建在一起。还有营口、烟台、青岛、连云港等都是以妈祖庙的兴建为标志，使荒凉的渔村变为繁荣的港口城市。香港北佛堂摩崖石刻和《九龙彭蒲罔村林氏族谱》关于妈祖信仰自南宋传入的记载，则成为香港历史文献记载的第一笔。澳门地名的葡萄牙语称作MACAU，就是粤语“妈阁”的音译。台湾同胞把早期的分灵妈祖称为“开台妈祖”，这更充分说明妈祖渡台和宝岛开发是直接关联的。

　　在科学技术史上，妈祖庙也有其独特的地位。古代一种航海习俗：在新船下水出航时，必须同时制作一只模型供奉在妈祖庙内，这样妈祖就会时刻关心此船的安全。所以许多妈祖庙内便留下了大量的古代船模。山东长岛庙岛与妈祖庙的古船模多达350多只，包括福船、沙船和民族英雄邓世昌供奉的“威远号”军舰模型。这些船模成为研究我国古代造船历史的重要资料。现存一批妈祖庙古建筑，如福建泉州、山东、江西景德镇、广东澄海、贵州镇远和宁波庆安会馆等天后宫，从庙宇结构造型到各类雕刻构件，都是极为珍贵的我国古代建筑艺术的精品。此外，各地妈祖庙还保存一些特殊的科技文物。如莆田涵江天后宫存有一幅明代星图，是研究我国古代利用星图定向航海的难得实物资料。天津天后宫所存的灭火“水机”，是迄今发现最早的机械消防器材之一。